Yeni sezon öncesi kulüpte farklı bir yapılanmaya gitmeyi ve futbolun başına her kademeden sorumlu olacak, geniş yetkilere sahip yeni bir teknik direktör getirmeyi planlayan Başkan Altuğ, Güneş'e daha alt bir görev olan futbol direktörlüğünü teklif etti. Altuğ'un, kendisine ve kulübe danışmanlık yapan Murat Şamil Şen'in de katıldığı görüşmede "Kulüp yapısı içinde kal" dediği Güneş, öneriyi düşünmek için zaman istedi.
Uzun yıllar formasını giyip kaptanlığını yaptığı Karşıyaka'ya 2015-16 sezonunun sonlarında sportif menajer olarak dönen Atilla Güneş, geçen sezonun son 12 haftasında Turgut Uçar'ın yerine teknik direktörlüğe getirildi. Atilla Güneş yönetimindeki Karşıyaka, 2'nci Lig Kırmızı Grup'ta sezonu 6'ıncı bitirip play off'u kaçırdı. Başkan Altuğ, mayıs ayındaki olağanüstü kongreden sonra Teknik Direktör Güneş'le yeni sezonda da yola devam etmek istediklerini açıklamıştı. Karşıyaka'da Ali Kemal, 88 bin TL alacağı ödenmeyince serbest kaldı. (DHA)